从图片当中可以看到,三条染色体上出现了ticks
它们出现的位置也并不是从开始到结尾的
show_ticks=yes
show_tick_labels=yes
<ticks>
chromosomes_display_default=no
radius=dims(ideogram,radius_outer)
label_font=default
label_offset=5p
orientation=out
multiplier=1e-6
color=black
</ticks>
- 首先使用show_ticks和show_tic_labels参数控制tick的有无
- 在tick的父标签ticks中定义了全局变量;并且可以在子标签中被继承和修改
- chromosomes_display_default=no参数可以对每条染色体是否显示tick;以及显示的范围进行人为的设定
接下来让我们看看子标签tick中的内容是怎么样的
<tick>
chromosomes=hs1:50-100;hs2;hs3:20-80;
orientation=in
spacing=1u
size=8p
thickness=2p
color=green
show_label=no
</tick>
<tick>
chromosomes=hs1:50-100;hs2;hs3:20-80;
spacing=5u
size=10p
thickness=3p
color=dred
show_label=yes
label_size=20p
label_offset=10p
format=%d
</tick>
上面的内容上我们也可以发现,这和ideogram标签中对chromosomes的设置几乎是差不多的
通过 chromosomes_display_default和chromosomes参数控制目标的范围
orientation=in/out 表示显示的方向啦,out就朝外;in朝里;反正radius是可以调整它显示的位置的
使用offset 和label_offset参数调整ticks位置
从图片上可以很明显的看出这两个参数的作用
关于grid的介绍
同样,grid的显示和ideogram上的tick是一样的
- 参数show_grid=yes在ticks标签外控制grid的显示
- 使用grid_start grid_end控制显示的位置
- 在ticks父标签中的grid可以被thic继承,不过需要在tick标签中使用 grid=yes参数
#控制整体显示
show_grid=yes
<ticks>
####grid在ticks父标签的部分###
grid_start=0.5r
grid_end=0.95r
grid_color=black
grid_thickness=2p
<tick>
###对属性进行继承和重定义
grid_color=red
grid_start=0.1r
grid_end=0.6r
grid=yes
</tick>
</ticks>
接下来是关于tick之间间隔是绝对距离还是相对距离啦
从图中可以发现我把每一段染色体分成了100份的相对长度;然后定义每一个1%为单位长度,在上面打上label标签
- 使用 rspacing spacing_type两个参数定义为相对长度类型
- show和show_label进行展示
- label_relative当然也很重要
- rmulitiplier则是让每个单位是0.01的值乘上100
- 最后就是后缀suffix啦!
####用来展示relative的tick
<tick>
chromosomes=hs1;hs2;hs3;
show=yes
show_label=yes
rspacing=0.01
spacing_type=relative
rmultiplier=100
label_size=20p
offset=85p
size=10p
label_relative=yes
color=black
thickness=2p
format=%d
suffix=%
</tick>
关于如何在ideogram上打上单个tick
在每条染色体的开始和结束位置上标明名称
- 使用position参数而不是 spacing参数啦;也可以使用 rposition定义的相对位置
- label=3'描述了label上的字符
- format=%s 以字符串的形式进行展示
- 同时要注意rposition和rspacing或者position和spacing是不能同时使用在一个tick标签里面的
- 一般开始会标识0label;为了让5'能够打上去,应该使用 force_display=yes参数
###当一个tick有两个label时强制都显示
force_display=yes
<tick>
chromosomes=hs1;hs2;hs3;
show_label=yes
label_size=40p
label_font=condensedbold
size=10p
thickness=2p
position=end
label=3'
color=purple
format=%s
</tick>
这里的thickness和size属性我是重写了ticks父标签的定义的;
还有一个叫rings的东西;其实也就是在tick标签里的radius属性可以定义很多次;每次的定义都会画出来;不会被后面的定义覆盖!