blast+安装

1. 通过wget 命令直接下载到本地服务器中

   wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.2.30+-x64-linux.tar.gz
   

2. 对下载好的文件进行解压

   tar -zxvf  ncbi-blast-2.2.30+-x64-linux.tar.gz
   

3. 解压之后，其实就可以使用绝对路径使用blast+了；怎么知道blast的绝对路径呢

   pwd ncbi-blast-2.2.30+-x64-linux.tar.gz/bin 
   ######例如我们得到这样的绝对路径##########
   /home/local/software/ncbi-blast-2.2.30+-x64-linux/bin/
   

   这条命令就得到了我们blast可执行程序所在的绝对路径，也就是在电脑上的哪个文件夹
4. 有了绝对路径我们就可以告诉计算机到哪里去找balst程序来执行
   当执行blastn核苷酸比对程序时直接使用下面的命令就可以执行了

   /home/local/software/ncbi-blast-2.2.30+-x64-linux/bin/blastn
   

   添加可执行程序到环境变量中

• 首先环境变量是啥？
  环境变量其实就是一个变量，这个变量里面包括一个叫$PATH的变量，里面存储着一些你想告诉计算机的东西。比如我想告诉计算机blast+的所有可执行的程序都放在哪个文件里面，我只需要在$PATH这个变量中加上blast/bin的文件夹；这样当我们在计算机的任何地方想要执行balst的时候只需要按下blastn或者其他命令就行了

  echo "export PATH=/home/local/software/ncbi-blast-2.2.30+-x64-linux/bin:\$PATH" >> ~/.bashrc
  source ~/.bashrc
  

  blast的使用

  构建本地blast库

  例如要构建核酸库，使用整个CDS构建的基因序列库

  makeblastdb -in "CDS文件" -dbtype "nucl" -parse_seqids -out "库名称的前缀"
  

  具体参数的意义可以使用 -help参数查看手册，我就不多做赘述
  同理构建蛋白库

  makeblastdb -in "氨基酸序列文件"  -dbtype "prot" -parse_seqids -out "库名称的前缀"
  

  进行序列比对

• 首先我们需要准备比对的fasta文件，然后一条命令就可以了

  blastn -query "需要比对的文件" -db "上一步建好的库的目录加上/库前缀"  -evalue 1e-5 -outfmt 6 -out "输出文件"
  

1. 这里的outfmt是输出文件的格式，包括1-10种格式
2. 具体参数的意义，可以使用–help参数查看