基因家族分析流程

家族基因聚类分析流程

首先获取到各个物种中对应的基因编号,并且得到对应的基因序列、氨基酸序列

序列保守性

使用MEGA软件进行进化分析,提取各个物种中的氨基酸序列进行比对;MEGA中Alig by ClustalW 子程序得到结果如下:

进行聚类分析

使用上一步比对好的mas后缀输出文件,构建进化树

构建好进化树就可以输出树形状格式了,文件后缀为nwk

(GhirD03G004880,Gorai.003G049300|CESA6),GhirA11G023630),);

iTOL画进化树

具体的学习方法花个1个小时的时间,看官网的视频就很清楚啦
1.在cotrol面板中有所有的控制参数
2.当需要添加数据集的时候,需要点击对应的分子进行添加,添加之后可以在控制面板进行参数的设置
3.进行设置的时候可以使用粘贴功能

最后大功告成

Reference

颜色搭配
颜色搭配2
iTOL
Evolution进化树