Circos进阶 | ZpliuBlog

ideogram间距

有两种设置方法

所有ideogram同时设置，在spacing标签内使用default属性
对相邻的两条进行设置，在pairwise中进行设置

<ideogram>
 <spacing>
  default = 10u

  <pairwise hs1>
   spacing = 5u
  </pairwise>

  <pairwise hs3 hs4>
   spacing = 0.25r
  </pairwise>

 </spacing>
</ideogram>

颜色设置

在colors标签内自定义颜色

##在mycolors.conf中定义 
Atcolor=25,181,254
Acolor=0,230,64
Dtcolor=240,255,0
Dcolor=242,38,19

## 在主文件circos.conf的colors标签内引用 
<colors>
<<include mycolors.conf>>
</colors>

自定义的颜色就可以使用了，例如我使用自定义颜色修饰染色体

chr    -    At02    At02    0    108049532    Atcolor 
chr    -    Dt13    Dt13    0    63316526    Dtcolor
chr    -    A02        A02        0    99090824    Acolor
chr    -    D12        D12        0    35429946    Dcolor

在circos.conf中使用rgb()函数自定义颜色，

<link>
file=data/At_AC.txt
radius=0.95r
bezider_radius=1.5r
thickness=3
color=rgb(140,20,252)
z=20
</link>

links

让color颜色与第二个连接点的颜色相同

color=eval(var(chr2))

eval函数与大多数语言中的功能类似，在bash中eval会执行字符串表示的命令

link有时候会缠绕在一块就像下面这样

这时候只需要把对应的染色体翻转一下就行啦！

chromosomes_reverse=At13;D04;D11;D10;D09;A07;A05;A08;
###两条线交叉的时候可以考虑把染色体顺序换一下
chromosomes_order=At01,At02,At03,At04,At05,At06,

link中的rule规则

取从哪条染色体开始

<rule>
condition=from(Chr03)
color=rgb(247,202,24)
</rule>

###到哪条染色体结束
<rule>
condition=to(Chr03)
color=rgb(247,202,24)
</rule>

给不同的link上色，在数据文件中就事先区分好
数据文件如下

chr10class4     1       10000   chr20class4     1       10000   value=class4_1
chr10class3    7250     7260     chr20class3     7250    72600     value=class3_3

同过value变量进行自定义上色

<rule>
condition= var(value) eq "class1_1"
color=red
</rule>

这里有一定需要注意，这和perl中的判断一样：字符串使用 eq 数字使用==，我在这里就犯错了

link如何弯曲

控制曲线的弯曲程度有多个参数，其中一个是bezier_radius

bezier_radius=1.0r

添加注释信息

例如在染色体对应的位置添加对应的基因编号信息,首先得准备对应的数据文件
text.txt

A02     38395050        38401512        Ga02G0753.1
A05     916845          922879          Ga05G0093.1
A05     929480          933564          Ga05G0095.1
A05     977266          983344          Ga05G0100.1
A05     14673170        14690147        Ga05G1638.1
A06     56575979        56582045        Ga06G1315.1

在circos.conf中的plots标签内定义type=text

<plots>
type=text
r0=1.05r
r1=1.1r+400p
show_links=yes
link_dims=4p,4p,8p,4p,4p
link_thickness=2p
label_size=24p
color=red
label_font=condensed
padding=0p
rpadding=0p
<plot>
file=data/textAt.txt
color=rgb(25,181,254)
</plot>
</plots>

具体参数的意义:

histogram柱状图

数据文件格式如下：染色体位置+柱状图的大小

CA_chr1 109361328       109659167       9
CA_chr1 137401104       137443513       8
CA_chr1 134830783       135785508       48
CA_chr1 135908705       136353163       24
CA_chr1 61257167        61388884        8
CA_chr1 56197340        56261821        6
CA_chr1 117275800       117755122       12
CA_chr1 123325601       123882451       8
CA_chr1 58923028        59194595        8
CA_chr1 47239752        47399584        7
CA_chr1 66213515        67537745        49

有时候为了让边框没有颜色，可以考虑把thickness设置为0

<plots>
r0=0.9r
r1=0.97r
color=red
thickness=0
<plot>
type=histogram
file=data/Ahighlight.txt
fill_color=rgb(255,203,5)
</plot>