Hisat

相当于Tophat的更新版本

主要参数

• -x hisat-build 构建的索引文件
• -U 单端测序的转录组数据文件
• <-1><-2> 双端测序的转录组数据
• -S 输出sam文件格式
• –known-splicesite-infile 后面加注释文件，注释文件用自带的extract_splice_sites.py脚本将GTF文件转换一下
• –rna-strandness 指定建库方式单端建库一般不用指定或者根据NCBI指定为F|R 双端建库使用FR|RF参数 建库方式参考:链特异性
• -p 线程数目

  TopHat has a similar option, –library-type option, where fr-firststrand corresponds to R and RF; fr-secondstrand corresponds to F and FR.

hisat -x 索引文件前缀 -U|-1|-2 转录组数据 -S 输出sam文件  --known-splicesite-infile 注释文件  --rna-strandness 建库方式 -p 线程数

stringtie

cufflinks的版本

主要参数

-G 指导组装的注释文件，一般是GTF|GFF文件
-e 与-G参数结合将不会组装新的转录本，仅仅根据注释文件进行计算
-p 线程数目
-A 指定输出注释文件中每个基因的丰度文件
-o 包含完整的输出信息文件

stringtie  安装染色体位置排好序的bam文件  -G gtf注释文件  -e  与-G参数配合不组装新的转录本  -A 基因表达量输出文件 -o 完整的转录本信息文件 -p 线程数目  -v 脚本处理过程信息打印

Hisat
stringtie
链特异性
Github of stringtie—

abbrlink: ‘0’